生物工程学系是我校历史传承最久的学系之一，设置于1927年。目前我系拥有生物技术和生物科学两个国家级一流本科专业建设点，一个国家级生命科学与技术实践教学示范中心，生物技术专业同时为广东省名牌专业（2002年）和国家特色专业（2009年）。我系拥有生物学一级学科博士及硕士点，包含生物化学与分子生物学、遗传学、细胞生物学、微生物学、动物学等多个二级学科博、硕士点（或招生方向），与瑞典乌普萨拉大学、美国波士顿大学、中国科学院等建有联合培养方向。

生物工程学系现有教职工40人，其中教授14人，副教授12人，高级实验师2人，拥有博士生导师10人，硕士生导师23人，形成了一支年龄、学缘结构合理的、学术思想活跃、团结合作的师资队伍。

科研方面，近年来我系教师主持承担国家重点研发计划、国家科技支撑计划、国家自然科学基金等各类纵横向课题50余项，科研经费超过3000万。在脂质代谢调控、条件性致病病毒的分子生物学、抗体药物与免疫检测、微藻生物能源、藻毒素的生物合成与环境响应等研究方面取得了丰硕的成果，形成了一定的优势和特点。近年来在Nat Comm、Angew Chem Int Ed、PANS、Sci Adv、Nucl Acid Res等国际重要学术期刊发表论文100余篇。

教学方面，我系建成国家级“金课”4门，省级精品课程、网络课程等10余门。3名教师获得“全国优秀教师”、“南粤教书育人优秀教师”、“南粤讲坛新秀”称号。承担和完成教育部新工科项目、省级教学团队建设项目、省教育厅教改项目等各类教研项目10余项，获广东省教学成果一等奖、二等奖及其他各类教学奖项多项，发表教研论文30余篇，出版各类规划教材6部。

本系教学条件完备，拥有国家级生命科学与技术实践教学示范中心1个。建有6个校外实习基地，省部级研究平台2个，共建有国家基因工程药物工程中心、肿瘤分子生物学教育部重点实验室等本科生创新创业实践平台8个。良好的实验条件为学生进行创新性科技活动提供了强有力的支撑。近年来，我系学生获得“挑战杯”全国大学生课外科技活动、国家大学生创新创业大赛一、二等奖等数十项，本科生以第一作者身份发表学术论文50余篇。毕业生遍布美国、日本、英国、德国和香港、澳门等国家和地区。